Azərbaycan ərazisində xristianlıq yeni eranın ilk əsrlərində yayılmışdır. Burada ilk xristian icmalarının yaranması da bu dövrə təsadüf edir. Albaniyada xristianlığın yayılmasında bu dövr həvari (suriyapərəst) dövrü adlanır və həvarilərdən Varfolomey və Faddeyin adları ilə bağlıdır. Həvari Faddeyin şagirdlərindən olan Yelisey Aqvan diyarının Kiş adlı yerində Qafqazda ilk xristian kilsəsini inşa etmişdir.
313-cü ildə Roma imperatoru Konstantin xristianlığa etiqad üzərindən qadağanı götürdükdən sonra alban hökmdarı Urnayr xristianlığı dövlət dini elan etdi. Bu vaxtdan etibarən Azərbaycanda xristianlığın yayılmasının yunanpərəstdövrü başlanır. 4-5-ci əsrlərdə bölgədə ruhanilik və kilsə iyerarxiyası təşəkkül tapır, kilsələr tikilir, dini kitablar Suriya və yunan dillərindən tərcümə edilirdi. Sinayda aşkar edilmiş alban yazısı və alban dilində olan leksionari dünyada xristianlığın ən qədim kütləvi qiraət kitablarından sayılır.

451-ci ildə Xalkidon kilsə toplantısında Albaniya monofizitliyə üstünlük verir. 5-6-ci əsrlərdə ölkə ərazisində monofızitlərlə diofızitlər arasında mübarizə güclənir. 6-cı əsrin sonu-7-ci əsrin əvvəllərində alban kilsəsi diofızitliyiqəbul edir.

Alban katolikosunun iqamətgahı Çoqa şəhərində yerləşirdi. 552-ci ildə iqamətgah Bərdəyə köçürülmüşdür. İslam fütuhatından, xüsusilə alban dövlətinin süqutundan sonra ölkədə xristianlığın rolu zəifləmiş, alban kilsəsi isə erməni kilsəsinə tabe edilmişdir. 9-10-cu əsrlərdə Azərbaycan ərazisində müstəqil dövlətlər yarananda alban kilsəsi yenidən avtokefal kilsə statusunu bərpa etmişdir. Bu durum 19-cu əsrə kimi davam etmiş, 1836-cı ildə isə çar hökuməti Sinodun təqdimatı ilə alban kilsəsini ləğv etmiş, kilsənin bütün əmlakı Eçmiədzin katolikosluğuna verilmişdir. 20-ci əsrin 80-90-cı illərində alban kilsəsi bir daha bərpa olunur. 2003 ildə, Şəkidəki Kiş kilsəsinin bərpasından sonra, alban-udi xristian icması dövlət qeydiyyatından keçmişdir.

Azərbaycanda xristianlıq özünün pravoslavlıq, katoliklik və protestantlıq qolları, habelə müxtəlif sektant icmaları ilə təmsil olunmuşdur.

Pravoslavlıq Azərbaycanda 19-cu əsrin əvvəllərindən etibarən rus çarizminin bölgədə yeritdiyi “köçürmə siyasəti”nəticəsində yayılmağa başlamışdır. Bakıda ilk pravoslav kilsəsi 1815-ci ildən fəaliyyət göstərir.
Rus pravoslav kilsəsində baş vermiş parçalanmadan sonra sektant xristianların Qafqaza sürgünü başlanır. Azərbaycanda ilk rus köçkünləri 1834-cü ildə Şamaxı qəzasında Altıağac kəndini, 1838-ci ildə Lənkəran qəzasında Vel kəndini, 1842-cı ildə Yelizavetpol quberniyasında Rus Borisi, 1844-cü ildə isə Slavyanka kəndlərini salırlar. 1868-ci ildə Bakı quberniyasının ərazisində artıq 13 min sektantın yaşadığı 21 kənd var idi.
Hazırda Azərbaycanda pravoslavlıq rus və gürcü pravoslav kilsələri ilə təmsil olunmuşdur. Ölkədəki rus pravoslav kilsələri 2000 ildə təsis edilmiş Bakı və Xəzəryanı Yeparxiyasında birləşir.

Katolisizm. Bakıda ilk Roma-katolik prixodu 19-cu əsrin 50-ci illərində çar Rusiyası tərəfindən hərbçi katoliklərin Qafqaza sürgün edilməsi ilə əlaqədar olaraq yaradılmışdır. Prixod Tetri-Skarodakı (Gürcüstan) Roma-katolik hərbi prixoduna tabe idi. 1882-ci ildə Bakı prixodu müstəqilləşir. 1895-ci ildə Müqəddəs Məryəmin Bakirə Hamiləliyi adlı kilsə, 1903-cü ildə isə Bakı qəbiristanlığındaMüqəddəs Xaç kilsəsi tikilir. 1909-12-ci illərdə Bakının gözəl memarlıq abidələrindən sayılan Müqəddəs Məryəmin Bakirə Hamiləliyi yeni kilsəsi qotik üslubda inşa edilir. Sovet dövründə kilsə dağıdılmışdır. 1999-cu ildə Bakıda Roma-katolik icması yenidən bərpa olunur. 2001-ci ildə icma öz ibadət evini yaradır. 2002-ci il mayın 22-23-də Roma-katolik kilsəsinin başçısı Papa İoann II Pavel Bakıda rəsmi səfərdə olmuşdur.

Baptizm. İncilçi-lüteran kilsəsinin ardıcılları Bakıya hələ 19 əsrin 2-ci yarısında neft yataqlarının istismarında iştirak edən alman sənayeçiləri sırasında gəlmişlər. Onların gəlişinin bir səbəbi də 19-cu əsrin əvvəllərində Almaniyada baş vermiş siyasi və dini iğtişaşlar olmuşdur. O vaxt ölkədə belə bir mövhumi şayiə yayılmışdı ki, Qərbdə qiyamət günü yaxınlaşır, nicat ancaq Şərqdədir. Əhali xüsusilə sektant dindarlar Rusiyaya və Qafqaza köçməklə qiyamət gününün sorğu-sualından yaxa qurtarmağa çalışırdılar. 1819-cu ilin əvvəlində Azərbaycanda 209 alman ailəsi vardı. Bakıda incilçi-lüteran icması 1870-ci ildə yaradılmışdır. 1899-cu ildə icmanın üzvləri şəhərdə öz məbədlərini — kirxanı (indiki kamera və orqan musiqisi zalı) tikmişlər. Yelenendorfda (indiki Xanlar) kirxa daha əvvəl tikilmişdir. 1937-ci ildə lüteran kilsəsinin keşişləri başqa dini icmaların nümayəndələri ilə birlikdə sürgün edilmiş, güllələnmişlər. 1994-cü ildə lüteran icması Bakıda yenidən fəaliyyətə başlamışdır.