Canlı varlıqların öyrənilməsi üçün müxtəlif metodlardan (yun. methodos – yol, tədqiqat, dərketmə yolu) istifadə edilir. Bunların ən əsası müşahidə, eksperiment və ölçmədir.
Müşahidə. Hər hansı bir obyektin və ya hadisənin duyğu orqanlarının köməyi ilə öyrənilməsinə əsaslanır. Canlı orqanizmlər üzərində müşahidələr aparmaqla onların təsvir edilməsi bir çox məsələləri aydınlaşdırmağa kömək edir. Məsələn, alma ağacı ilin hansı ayında çiçəkləyir, yarpaqların tökülməsi, yəni xəzan nə vaxt baş verir? Canlıların müşahidəsini həm təbii, həm laboratoriya şəraitində aparmaq mümkündür.
Təbiətdə belə müşahidələr zamanı binokldan, videokameradan, laboratoriyada isə lupa, mikroskop və digər avadanlıqdan istifadə edilə bilər.
 

1. Müşahidə zamanı məlumatlar toplanır. Onların əsasında elmi mülahizələr irəli sürülür. Bunların təsdiq edilməsi üçün isə eksperiment aparılır.


2. Eksperiment (lat. experimentum – təcrübə, sınaq). Bu üsuldan müşahidə nəticəsində irəli sürülən mülahizəni yoxlamaq, onu təsdiq və ya inkar etmək üçün istifadə olunur. Məsələn, təcrübələr nəticəsində müəyyən olunmuşdur ki, azot duzları bitkinin gövdə və yarpaqlarının böyüməsini sürətləndirir.
3. Ölçmə. Bir çox hallarda müşahidə və eksperimentlər ölçmə ilə müşayiət olunur. Belə ki, gübrələrin bitkilərə təsirini onların boylarını ölçərək gübrə verilməyən bitkilərlə müqayisə etməklə müəyyənləşdirmək mümkündür.

 
Beləliklə, müşahidə, eksperiment və müvafiq ölçmələr nəticəsində tədqiqatçı öyrəniləcək obyekt və ya hadisə barədə müəyyən elmi biliklər əldə edir.

Mikroskopiya

Qədim zamanlardan insanlar gözlə çətin görünən cisimləri görmək üçün müxtəlif cihazlardan istifadə etmişlər. Məsələn, münəccimlər göy cisimlərinə baxmaq üçün sadə teleskoplardan, dənizçilər uzaq məsafələrə baxmaq üçün isə durbinlərdən istifadə edirdilər. 
Mikroskopiya – tədqiqat üsulu. Mikroskopiya üsulu mikroskopun köməyi ilə müxtəlif obyektlərin öyrənilməsinə əsaslanır. Onun əsasını işıq və elektron mikroskopu ilə aparılan tədqiqatlar təşkil edir. Bu üsul adi gözlə seçilməyən mikroskopik obyektlərin quruluşunu öyrənməyə imkan verir.Bu üsuldan həm cansız, həm də canlı mikroskopik obyektlərin tədqiqində istifadə etmək mümkündür. Biologiyada mikroskopla aparılan tədqiqatlarda, adətən, canlının müəyyən nazik kəsiyindən və ya hissəciyindən hazırlanmış preparatlardan istifadə edilir.
İşıq mikroskopu ilə işləmək qaydası

1.     Mikroskopu ştativi özünə tərəf olmaqla stolun kənarından 5-8 sm aralı qoyun.
2.     Güzgünün köməyi ilə işığı əşya kürsüsündə olan dəliyə yönəldin.


3.     Preparat düzəldərək əşya kürsüsünün üzərinə qoyun.
4.     Preparatın əşya şüşəsini sıxacların köməyi ilə kürsüyə bərkidin.
5.     Vintdən istifadə etməklə tubusu ehmalca endirin və elə edin ki, obyektivin aşağı kənarı preparatdan 1-2 mm məsafədə olsun.
6.     Okulyardan baxmaqla əşyanın preparatda aydın surəti görünənə qədər tubusu yavaş-yavaş qaldırın.