Şirvanşah I Xəlilullanın oğlu Fərrux Yasar hakimiyyəti dövründə Səfəvilər Şirvan üzərinə hücuma keçərək, ölkəni təzədən əsarət altına aldılar. Hələ bundan qabaq 1460-cı ildə Səfəvi sərkərdələrindən şeyx Cüneyd Şirvana basqın edərkən I Xəlilulla tərəfindən öldürülmüşdü. Bundan təxminən iyirmi il sonra da şeyx Cüneydin oğlu şeyx Heydər vuruşmada Fərrux Yasar tərəfindən qətl edilmişdi. Azərbaycanı birləşdirmək və vahid Azərbaycan dövləti yaratmaq məqsədilə Şirvan torpaqlarına hücum edən Şah İsmayıl babasının və atasının intiqamını almağı da unutmurdu. 1500-cü ildə Gülüstan yaxınlığında Fərrux Yasar qoşunları ilə Şah İsmayılın qızılbaşları arasında qızğın döyüşlər getdi. Bu döyüşlərdə Fərrux Yasar məğlub olaraq, öldürüldü. Bundan sonra Şah İsmayıl Şirvanın qala və şəhərlərini zəbt edərək, çoxlu qənimət ələ keçirdi. 1501-ci ildə isə qızılbaşlar Bakı üzərinə hücuma keçdilər.
Bu, baharın xoş günlərindən birində idi. Bakının işğalı üçün Şah İsmayıl özünün iki bacarıqlı sərkərdəsini göndərmişdi. Bunlar Məhəmməd bəy Ustaclu ilə İlyas bəy Xunuslu idi. Onlar şəhər divarlarına yaxınlaşanda donuxub qaldılar. Uca qalın divarlar boyu uzanan xəndəklər, üzərinə dəmir çəkilmiş darvazalar hər iki sərkərdəni çox düşündürdü. Belə möhkəm qalanı almaq çox çətin idi. Şah İsmayıl
isə qalanın alınmasını tələsdirirdi. Hələ Şirvanşah Fərrux Yasarın dövründə Bakı, Mahmudabad və Salyanın idarə edilməsini kürəkəni Qazıbəyə həvalə etmişdi. Şah
İsmayılın qoşunları Bakıya yaxınlaşanda Qazıbəy təsadüfi olaraq şəhərdən çıxmışdı. Lakin onun olmaması bakılıları zərrə qədər də sarsıtmadı. Onlar qalanın möhkəmliyinə arxayın olaraq, şəhəri qəhrəmanlıqla müdafiə etməyə başladılar. Ərzaq və silah ehtiyatları da kifayət qədər vardı. Ərinin qalada olmadığını düşmənə bildirməmək  üçün  Qazıbəyin  arvadı  özü  müdafiəyə  başçılıq  etməyə  başladı.
Düşmənin  qalaya  bir-birinin  dalınca  olan  həmlələri  heç  bir  nəticə  vermirdi.
Bakılılar mərdliklə müdafiə olunurdular. Vəziyyəti belə gördükdə Səfəvilər bu mərd qadının yanına elçi göndərdilər. Qazıbəyin arvadı elçini sarayda deyil, qala divarının yanında qəbul etdi.
Cənabınızı eşidirəm,  -  deyə  qarşısında  durmuş  qırmızı  çalmalı elçini qəzəblə süzdü.
Böyük şahın fərmanını sizə çatdırmaq istəyirəm. O nə fərmandır elə? — qadın istehza ilə soruşdu. Fərman budur ki, təslim olasınız.
Kifayətdir. — Qadın əlini çırpdı. — Bizə təslim olmağı təklif edənlərə cavabımız ancaq birdir. — Bunu deyib, ətrafında toplaşmış müdafiəçilərə müraciətlə əlavə etdi. — Aparın.
Hələ özünə gəlməmiş elçinin başı dərhal vurulur. Qadının bu hərəkəti Şah İsmayılın sərkərdələrini bərk qəzəbləndirir və təzədən qalaya basqına başlayırlar. Ancaq bu da bir nəticə vermir. Bu dəfə şəhərin darğası şəhər müdafiəsinin başçısı yanına gəlir. Onu yola gətirməyə çalışaraq, qalanı təslim etməyi məsləhət görür. Darğanın da başı bədənindən ayrılır. Şah İsmayıl qalanın alınmadığını eşidib, köməyə təzə qüvvələr göndərir. Yenə də heç bir şey çıxmadığını görəndə özü Bakıya gəlməyə məcbur olur. Onun rəhbərliyi altında qızılbaş əsgərlər qala divarının altından gecəli-gündüzlü lağım atmağa başlayırlar. Qalanın bir tərəfi uçur. Yalnız bu zaman əhali təslim olmaq qərarına gəlir. Şəhərin görkəmli və ağsaqqal adamlarından 70 nəfəri əyinlərinə kəfən taxaraq, qılıncları boyunlarından asılı halda əllərində Quran şəhər darvazalarından çıxıb, Şah İsmayılın yanına gəlirlər. Tarixçilərin yazdıqlarına görə, Şah İsmayıl onların günahından keçir, şəhərdən yalnız qan bahası olaraq, min tümən pul alır. Şah İsmayılın ürəyi bununla da soyumur. O, babasını öldürmüş Şirvanşah I Xəlilullanın sümüklərinin Şirvanşahların türbəsindən çıxarılıb, yandırılmasını əmr edir.
Həmin ildə də səfəvi qoşunları Şirvandan çıxırlar. Səfəvilərin Şirvan üzərində qələbə çalmasına baxmayaraq, Şirvanşahlar hələ də Səfəvilərə tabe olmaqdan imtina edirdilər. Xüsusilə Fərrux Yasarın oğlu Şirvanşah Şeyx şah açıq- açığına boyunduruq altına girmək istəmirdi. Buna görə də, sonralar Şah İsmayıl Şirvanı tamamilə özünə tabe etmək üçün dəfələrlə bu torpaqlara hücum çəkmişdi.


Belə bir hücum axırıncı dəfə 1519-cu ildə olmuşdu. Şirvanşahlar bu dəfə Səfəvilərə qəti qələbə çalmaq əzmində idilər. Ancaq Səfəvilərin üstün qüvvələri qarşısında onlar heç bir şey edə bilmirlər. Təslim olurlar. Səfəvilərin hər dəfə qələbə çaldıqlarına baxmayaraq Şirvanşahlar öz istiqlaliyyətlərini hələ də saxlaya bilmişdilər. 1524-cü ildə Şah İsmayıl ölür və tac-taxta oğlu I Təhmasib sahib olur. I Təhmasib dövründə Səfəvilər dövləti özünün əvvəlki əzəmətini daha hifz edə bilmir.  Bunun  əsas  səbəblərindən  biri  o  idi  ki,  köçəri  kürd  tayfaları  mərkəzi
hakimiyyətə  tabe  olmaqdan  imtina  edirdilər.  Şirvanşahlar  da  bundan  istifadə edərək, öz mövqelərini möhkəmlətməyə çalışırdılar. Şirvanşah II Xəlilulladan sonra taxta onun qardaşı oğlu Şahrux keçir. O çox cavan idi. Saray əyanları bundan istifadə edərək, hakimiyyəti, demək olar ki, öz əllərinə almışdılar. Ölkədə talan başlandı. Bu da xalqın böyük qəzəbinə səbəb olmuşdu. Şirvanda üsyanlar başlamışdı. I Təhmasib bu fürsəti əldən buraxmaq istəmir. 20 minlik qoşunla Şirvana basqın edir. Dörd aylıq mühasirədən sonra Şahruxun yerləşdiyi qala işğal olunur. Şahrux özü isə əsir alınıb, Təbrizə göndərilir. 1540-cı ildə Şirvanşahların axırıncı şahı Şahrux Təbriz həbsxanasında gizlicə qətl edilir.
Beləliklə I Təhmasib Şirvanşahlar sülaləsini tamamilə ləğv edərək, Şirvanı Səfəvi dövlətinin əyalətlərindən birinə çevirdi. Bundan sonra Şirvan varlılarının böyük torpaq sahələri səfəvi əmirlərinə paylanır. Həmin müddətdə Şirvanın idarə edilməsi səfəvi canişininə — bəylərbəyinə həvalə olunur.
1541-ci ildə Təhmasib Qazi xan Təkəlini Bakıya hakim göndərir. Heç bir şeydən çəkinməyən bakılılar onu şəhərə buraxmırlar. Yalnız zor gücünə Təkəli şəhərə daxil olub, hakimiyyətə başlayır.
Bu illərdə sultan Türkiyəsi hələ də Azərbaycanı, Gürcüstanı işğal etmək arzusu ilə yaşayırdı. Xüsusilə Xəzərin qərb sahilləri onun iştahasını çox çəkirdi. 1549-cu ildə I Sultan Süleyman Azərbaycana qoşun yeridir. Bu işdə Türkiyəyə rəğbət bəsləyən yerli feodallardan Bürhan Əlinin də böyük köməyi olur. Bürhan Əlinin bu xidməti əvəzində türklər Şamaxını işğal etdikdən sonra onu Şirvana vali
 
təyin edirlər. İki ildən sonra Bürhan Əli ölür. Şirvan təzədən Səfəvilərin əlinə keçir. Şirvanlılar Səfəvilərin Bürhan Əlinin meyidindən də intiqam alacaqlarını bildikləri üçün meyidi gizlədirlər. Şirvanın bəylərbəyi Abdulla xan isə meyidi tapdıraraq, başını kəsdirir. Bu ara Abdulla xana xəbər verirlər ki, Bürhan Əlinin yaxın adamları Bakıda gizlənirlər. Onların dalınca bir dəstə atlı göndərilir. Çox axtarışdan sonra onları Xəzər dənizindəki adalardan birində tapırlar. Onları Bakıdan Şamaxıya gətirərək edam edirlər.
Bu əhvalatdan sonra Şirvan əhli bir müddət rahat nəfəs almağa başlayır. Lakin bu da uzun sürmür. 1554-cü ildə türk qoşunları Sinan bəyin başçılığı altında Zaqafqaziyaya daxil olub, Şirvan üzərinə yüruyür. Bu zaman türk qoşunlarına bələdçilik edən Şirvanşahlar nəslindən olan Qasım Mirzə idi. O vaxtilə Səfəvilərin istilasından sonra Türkiyəyə pənah aparmış və sultanın sarayında yaşamışdı. Türklər bu hücumda müvəffəqiyyət qazana bilmirlər. Ərzaq çatışmamazlığı onları qayıtmağa məcbur edir. 1555-ci ildə I Təhmasiblə türklər arasında müqavilə bağlanır. Bu müqaviləyə əsasən Qərbi Gürcüstanm bir hissəsi, Ermənistanın qərb əyalətləri Türkiyənin ixtiyarına verilir. Ermənistan və Gürcüstanın şərq əyalətləri isə Azərbaycanla birlikdə Səfəvilərin əlində qalır.
Bu müddətdən başlayaraq təxminən iyirmi il müddətində, Azərbaycan torpaqlarında davam edən dinclik və rahatlıq ölkənin və o cümlədən Bakı şəhərinin ictimai-iqtisadi həyatında tərəqqi dövrü olur. Ticarət genişlənir, ölkədə xalq təsərrüfatı müvəqqəti olsa da, qaydaya düşür. Xüsusilə Abdulla xan Şirvanda bəylərbəyi olduğu müddət ərzində Rusiya ilə ticarət əlaqələri xeyli genişlənir. Bakının ticarət mərkəzi kimi əhəmiyyəti daha da artır. Xəzər dənizi ilə yük daşınması birə-iki qat çoxalır. Bakı ilə Şamaxı arasında olan ticarət yolları üstündə karvansaralar və su ovdanları tikilir.
Bu iyirmi il Türkiyə üçün hərbi cəhətdən böyük yüksəliş, Səfəvilər üçün isə tənəzzül dövrü idi. I Təhmasibin ölümündən sonra köçəri tayfalarla mərkəzi hökümət arasında çəkişmələr daha da gərginləşmişdi.
Taxt-taca yiyələnmək üstündə şahın övladları arasında çəkişmə  gedirdi. Bəzi saray əyanlarının köməyi ilə İsmayıl Mirzə II İsmayıl adı ilə taxta çıxarılır. Lakin onun hökmranlığı uzun sürmür. İki ildən sonra saray çevrilişi nəticəsində II İsmayıl öldurülür. Yerinə I Təhmasibin böyük oğlu kor  Məhəmməd  Xüdabəndə keçir. A. Bakıxanov «Gülüstani-İrəm» əsərində Xüdabəndənin siyasəti nəticəsində Səfəvi hökümətinin daha da zəiflədiyini qeyd edir. Onun yazdığına  görə Məhəmməd Xüdabəndə iradəcə zəif bir adam idi. Onun hökmranlığı dövründə əmirlər arasındakı yekdillik də aradan qaldırılmışdı. Daha güclülər dövləti, demək olar ki, aralarında bölüşdürmüşdülər. Bütün bunların nəticəsində Səfəvi dövləti daxilən  sarsılırdı.
 
Səfəvilərin belə zəifləməsindən istifadə edən Türkiyə vaxtı ilə onlarla bağlanmış müqaviləni pozaraq Mustafa Lələ paşanın başçılığı altında 100 minlik türk qoşununu təzədən Zaqafqaziyaya yeritdi. Məşhur Çaldİran döyüşlərində Səfəvilər məğlub edildi. Gəncə, Qəbələ, Şamaxı, Bakı və başqa şəhərlər işğal edildi. Ölkədə yeni inzibati bölgü düzəldi. Paşalıqlar, sancaqlar yaradıldı. Abşeron yarımadası Bakı şəhəri ilə birlikdə ayrıca bir sancaq oldu. Y.Paxomovun «Azərbaycan sikkə xəzinələri» kitabında o dövrdə Bakıda sultan adından basılmış sikkə nümunələri göstərilmişdir.
Bir müddətdən sonra türklər Bakı, Şamaxı və başqa şəhərlərdə kiçik qarnizon hissələri saxlayıb, əsas qüvvəni geri çəkirlər.
Səfəvilərə də belə fürsət lazım idi. Türklər geri çəkilən kimi Məhəmməd Xüdabəndənin oğlu Həmzə Mirzənin başçılığı altında Səfəvi qoşunları türklərin kiçik qüvvələrini darmadağın edib, şəhərləri və o cümlədən Bakını osmanlılardan azad etdilər. Osman paşa Dərbəndə qaçdı. 1584-cü ildə osmanlıların vassalı olmuş Məhəmməd Girey xan Osman paşanın köməyinə çatdı; Şamaxı, Bakı və başqa şəhərlər təzədən osmanlıların himayəsi altına keçdi. Türkləri Şirvan şəhərlərindən çıxartmaq üçün Xüdabəndə Azərbaycana təzə qüvvələr göndərdi. Səfəvi əmirləri əvvəlcə Bakını mühasirəyə aldılar. Lakin şəhəri işğal edə bilmədilər. Çünki onların arasında güclü ixtilaf başlamışdı. Digər tərəfdən ərzaq çatışmazlığı ordunun geri qayıtmasına səbəb oldu.
Osmanlıların işğalı dövründə Səfəvi dövləti son dərəcə ağır günlər keçirirdi. Özbəklər də ölkəni hədələməyə başlamışdılar. Səfəvi dövləti üçün belə ağır vəziyyətdə Məhəmməd Xüdabəndənin kiçik oğlu I Şah Abbas 1587-ci ildə taxta çıxır. O Səfəvi tarixində Şah Abbas Kəbir kimi tanınır. O zaman Şah Abbasın on altı yaşı vardı. Gənc olmasına baxmayaraq, Mərkəzi Səfəvi dövlətini böhrandan çıxarmaq üçün bir sıra tədbirlər düşünüb həyata keçirir. Onun reformaları nəticəsində Səfəvi dövləti özünün əvvəlki qüdrətini qaytarmağa nail olur. Səfəvilərin paytaxtını da Qəzvin şəhərindən, ölkənin içərilərinə — İsfahana köçürür. Gənc Səfəvi hökmdarı ölkəni ağır vəziyyətdən qurtarmaq üçün əsas çıxış yolunu osmanlılarla müharibəni dayandırmaqda görür. 1590-cı ilin may ayında türklərlə sülh müqaviləsi bağlanır. Doğrudur, bu Səfəvilərə çox ağır başa gəlir. Çünki Azərbaycanın şimal və cənub əyalətlərinin əksəriyyəti, o cümlədən Bakı və Abşeron türklərin himayəsi altında qalır. Türklər Azərbaycanda öz mövqelərini möhkəmlədəndən sonra sünni məzhəbini rəsmi məzhəb elan edərək, şiələri hər yerdə təqib etməyə başlayırlar. O dövrdə Bakı əhalisinin əksəriyyəti şiə idi. Bu cəhətdən əhali hərtərəfdən sıxışdırılır, onlara həddindən artıq vergi qoyulur, ticarət işlərinə maneçilik törədilirdi. Hətta bəzən bir çoxlarını sünni məzhəbini qəbul etməyə məcbur edirdilər. Türklər Dərbənddən tutmuş, ta Bakıyadək ticarət yollarını möhkəm nəzarət altına almışdılar. Rus ticarət gəmilərinin toplaşdığı Niyazabadda türklər özləri üçün xüsusi ticarət gəmiləri inşa etməyə başlamışdılar. Türk qarnizonlarının yerləşdiyi bütün şəhərlər möhkəmləndirilmişdi. Mustafa Lələ paşanın əmri ilə Bakıda şəhər divarları təmir edilib, qaydaya salınmış, şəhərin müdafiəsi üçün keşikçilərin sayı artırılmışdı. Axşamlar şəhər darvazaları möhkəm bağlanır, içəriyə bir nəfər də buraxılmırdı.
Türklərin Xəzərin qərb sahillərində möhkəmlənməsi rusları narahat etməyə bilməzdi. Bu məqsədlə vaxtilə şah Xüdabəndə dövründə başlamış olduqları diplomatik danışıqlara təzədən qayıtmalı oldular. I Şah Abbas Moskva çarının yanına elçi göndərərək, türklər əleyhinə birgə müharibəyə başlamağı təklif etdi. Bunun əvəzində isə Şah Abbas Dərbənd ilə Bakı arasındakı Xəzər sahillərini həmişəlik olaraq rusların ixtiyarına verəcəyini vəd edirdi. İsveçlərlə müharibəni yenicə qurtarmış ruslardan xəbər çıxmadıqda Şah Abbas 1606-1607-ci illərdə tək başına türklər üzərinə yürüşə başladı. İrəvan, Gəncə, Şamaxı və Bakı şəhərlərini türklərdən geri aldı.
Bakı şəhərinin alınmasında şəhər əhalisinin də böyük köməyi olmuşdu. Bu zaman şəhərdə osmanlıların 300 nəfərdən  ibarət  bir  qarnizonu dururdu.  Bakılılar Şah Abbas qoşunlarının şəhərə yaxınlaşmasından xəbər tutduqda türklərin zülmündən xilas olmaq məqsədilə içəridə qarnizonun əleyhinə qəsd düzəldirlər. Əlbəyaxa vuruşlarda İçərişəhərin dar küçələri bakılıların köməyinə çatır. Damlardan,  evlərin  pəncərələrindən  açılan  güllələrlə  və  əllərində  siyirmə qılınclarla bütün qarnizon əsgərlərini bir nəfər kimi qırırlar. Sonra əsgərlərdən çoxunun başını kəsərək, şəhər qapılarının açarları ilə birlikdə Şah Abbasa göndərdilər. Türk qarnizonuna tutulan  bu  divan  şiəçilik  bayrağı  altında keçirilmişdi. Əhali bir işğalçının zülmündən qurtararaq, ikinci bir işğalçının əsarəti altına düşdüyünü dərk etmədən yalnız sünni məzhəb türkləri qovmaq üçün qızılbaşlara sığınmağa çalışırdı. Bir türk tarixçisinin yazdığına görə, Şah Abbas bu qəsd əvəzində bakılılara böyük mükafatlar vermişdi.
I Şah Abbas Azərbaycanda  hakimiyyətini qüvvətləndirmək  üçün inşaat işlərini sürətlə genişləndirirdi. Bakı şəhər divarlarını, Şamaxı darvazasını təmir etdirir, çoxlu karvansara və ovdanlar tikdirirdi. Onun tikdirdiyi karvansara və ovdanlardan bəziləri bizim günlərədək qalmışdır.
Şah Abbas tarixdə öz amansız müstəbidliyi ilə də tanınmışdır. Onun hökmdarlığı dövründə işğal edilmiş yerlərdə baş verən üsyanları amansızcasına yatırtmışdı. Qiyamçıları ən ağır cəzalarla öldürtdürur, kəndləri, obaları yandırtdırır, əhalini öz doğma yerlərindən sürgun etdirib, didərgin saldırırdı. Azərbaycanda özünə dayaq yaratmaq məqsədilə Şah Abbas yarımköçəri tayfaları İranın cənubundan şimal rayonlarına sürdürürdü. Muğanda yerləşmiş Şahsevən tayfaları da bu yerlərə o zaman köçürülmüşdü. Bu tayfanın nümayəndələri indiyədək Bakının bir çox kəndlərində yaşayırlar. Şahsevənlər başlıca olaraq, maldarlıqla məşğul olmuşlar. Qılınc çalmağı məharətlə bacarırdılar, mərd və qorxmaz olublar. Bu keyfıyyətlərinə görə, Şah Abbas həmişə onlara arxalanırmış.


XVIII əsrin axırlarına doğru Səfəvilər dövləti uzun sürən talançılıq müharibələri və feodalların özbaşınalığı nəticəsində süqut etməyə başlayır. Dövlət maliyyə cəhətdən böhran keçirir. Xəzinə boşalır. Hətta şah Hüseynin dövründə sikkə basılması üçün gümüş tapılmadığından şahın əmri ilə sarayın gümüş və qızıl qabları əridilir, Səfəvi əcdadlarının məqbərələrindən gümüş bəzəklər çıxarılıb, xəzinənin sərəncamına verilir.
Əhalinin vəziyyəti isə son dərəcə ağırlaşmışdı. İllərlə davam edən quraqlıq nəticəsində ölkənin şimal və cənub əyalətlərində aclıq başlayır. Acından ölənlərin sayı gündən-günə artırdı.

Müəllif: Qılman İlkin. BAKI VƏ BAKILILAR 
Mənbə: BAKI VƏ BAKILILAR (Üçüncü nəşri).ISBN-9952-426-12–7