Rusiya Federasiyasına SSRİ-dən miras qalan ən mürəkkəb məsələlərdən biri millətlərarası münasibətlər problemidir. Vəziyyəti gərginləşdirən şərait ondan ibarət idi ki, yeni Rusiyaya federativ quruluşun əvvəlki etnik prinsipi miras qalmışdı. Fərq isə yalnız onda idi ki, Federasiyanın subyektləri keçmiş Rusiya muxtariyyətləri idi. Ölkədəki etnosiyasi vəziyyət göstərdi ki, SSRİ-dən fərqli olaraq, əhalinin 80 faizindən çoxunu təşkil edən rus xalqı bütün Rusiya ərazisi üzrə yayılmışdır. Məhz bu amil respublikalarda fəaliyyətdə olan milli hərəkatlarda və ayrı-ayrı respublikaların rəhbərliyində nəzərə alınmamışdı.
1992-ci ilin martında prezidentlə respublikaların nümayəndələri arasında imzalanan federativ müqavilə problemi siyasətdən hüquq sahəsinə keçirməklə, Rusiyanın parçalanması təhlükəsin təxirə saldı. Lakin müqavilə yeni təhlükəyə -Federasiya subyekti statusunun qanun qarşısında qeyri-bərabərliyinə şərait yaratdı. Milli respublikalar vilayət və diyarlardan fərqli olaraq, daha çox səlahiyyət alırdı. Çeçenistan və Tatarıstan müqaviləni imzalamadıqlarından, Rusiya Federasiyasının bütövlüyü sual altında qalırdı. Bir çox milli hərəkatların proqram sənədlərində separat tələblər yer alırdı. Konstitusiyalarını qəbul edən bir sıra muxtar respublikalar yerli qanunları federal qanunlardan üstün tutur və Federasiyadan çıxmaq hüququnu təsbit edirdi. Tatarıstan, Çeçenistan, Başqırdıstan, Tuva, Yakutiya (Saxa Respublikası) federal büdcəyə keçirdikləri vəsaiti azaltdı. 1992-ci ildə Tatarıstan Respublikasının dövlət statusu haqqında referendum keçirildi. Səsvermədə iştirak edənlərin 60 faizi Tatarıstanın dövlət müstəqilliyinə səs verdi. 1994-cü il fevralın 15-də Federal hakimiyyətlə Tatarıstan arasında səlahiyyətlərin müəyyən edilməsinə dair müqavilə imzalandı ki, bu sənədə əsasən, respublika Federasiyanın başqa subyektlərindən daha çox hüquq, o cümlədən tatar vətəndaşlığının verilməsi, xarici dövlətlərlə münasibətlər yaradılması və b. hüquqlar aldı. Yalnız bundan sonra Tatarıstanda RF Dövlət Dumasına seçkilər keçirildi. Bir çox məsələlər üzrə kompromisin əldə edilməsində Tatarıstan Respublikasının prezidenti M.Ş.Şaymiyevin çevik və konstruktiv mövqeyi önəmli rol oynadı. 1993-cü ildəki prezident və parlament qarşıdurmasından, yeni Rusiya Konstitusiyasının qəbul edilməsindən sonra Federasiyanın subyektlərinin böyük əksəriyyətilə münasibətlər normal məcraya düşdü. 1994-1995-ci illərdə muxtar qurumlarla 20 ikitərəfli müqavilə imzalandı. Nəticədə, Federasiyanın milli-ərazi subyektləri daha çox müstəqillik əldə etdilər ki, bu da bir çox diyar və vilayət rəhbərliyinin narazılığına səbəb oldu. Bununla yanaşı, mərkəzin kompromis mövqeyi separatizmin tədricən aradan qaldırılmasına, eksteremist millətçi qüvvələrin təcrid edilməsinə kömək etdi.
Müstəqillik uğrunda cərəyan edən hadisələrin mərkəzi Şimali Qafqaz oldu. 1990-cı ilin yazında çeçen xalq konqressi Çeçenistanın müstəqilliyi haqqında qətnamə qəbul edərək, onu İçkeriya Respublikası adı ilə elan etdi. 1991-ci ilin oktyabrında Estoniyadakı keçmiş HHQ-nin diviziya komandiri, istefada olan general C.Dudayev Çeçen-İnquşetiya Respublikasının prezidenti seçildi. 1992-ci iln iyununda İnquşetiya Çeçenistandan ayrılaraq, RF tərkibində İnquş Respublikasını elan etdi. 1991-ci il oktyabrın 27-də C.Dudayev Çeçen Respublikasının prezidenti seçildi və parlament formalaşdı. 1991-ci il oktyabrın 26-da C.Dudayevin fərmanı ilə Rusiya Federasiyasının Çeçen Respublikasının ərazisində olan bütün hərbi hissələrinin silah və hərbi texnikası respublikanın mülkiyyəti elan olundu. 1992-ci ilin mayında C.Dudayevin tərəfdarları hərbi texnikanın 80, atıcı silahların 75 faizini ələ keçirdilər. 1991-ci il dekabrın 24-də imzaladığı fərmanla respublikanın bütün kişi əhalisin orduda xidmət etmək mükəlləfiyyəti ilə vəzifələndirən C.Dudayev nizami ordu yaratdı ki, onun da sayı 15 min nəfərə çatırdı.

• 1994- cü il noyabrın 29-da Rusiya Təhlükəsizlik Şurasının iclasında hərbi əməliyyatların başlaması barədə qərar qəbul edildi. Noyabrın 30-da prezident
•  B. Yeltsin, «Çeçen Respublikasının ərazisində konstitusiya qanununu və hüquq qaydalarını bərpa etmək tədbirləri haqqında» gizli fərman imzaladı. Əməliyyatı 25 gün ərzində yekunlaşdırmaq nəzərdə tutulsa da, onu pis hazırlamışdılar. 1994-cü il dekabrın 11-də birinci çeçen müharibəsi başladı. Qroznıda C.Du-dayevin 15 min qoşunu, 60 top və minaatanı, 30 «Qrad» qurğusu, 50 tankı vardı. Federal qoşunlar Çeçen Respublikasının ərazisinə daxil olaraq, 1995-ci ilin yayına doğru ağır döyüşlərdən sonra əsas yaşayış məntəqələrini ələ keçirərək, dudayevçiləri dağlara sıxışdırdılar. Baxmayaraq ki, müdafiə naziri P.S.Qraçov ictimaiyyəti və prezidenti inandırmağa çalışırdı ki, C.Dudayevi devirmək üçün «iki saat və bir paraşüt desant polku» kifayətdir. Əməliyyatlar göstərdi ki, dudayevçilər müasir sovet və xarici silahlarla hərbi əməliyyatlara daha yaxşı hazırlaşmışlar. «Qayda-qanunun bərpası» aviasiya, tanklar və digər ağır texnikanın tətbiqi ilə uzun və qanlı müharibəyə çevrildi.
•  1995- ci ilin iyulunda bir qrup çeçen döyüşçüsü Ş.Basayevin başçılığı ilə Çeçenistan sərhədindən 150 km uzaqlıqda yerləşən Stavropol diyarının Bud-yonovsk şəhərində 1500 nəfəri, o cümlədən uşaq və qadınları girov götürərək, Rusiya hökumətini onların tələblərini yerinə yetirməyə məcbur etdi. Federal hakimiyyət çeçen liderlərlə yenidən danışıqlara başladı. 1996-cı ilin aprelində
•  C. Dudayev öldürülsə də, vəziyyət dəyişmədi. 1996-cı ilin avqustunda çeçen döyüşçüləri dağlardan enərək, Qroznıya hücum etdilər və onu federal qoşunlardan təmizlədilər. 1996-cı il avqustun 31-də Dağıstanın Xasavyurt qəsəbəsində Təhlükəsizlik Şurasının katibi general-leytenant A.İ.Lebedlə çeçen qoşunlarının qərargah rəisi A.A.Masxadov arasında müharibənin dayandırılması, rus qoşunlarının respublikadan çıxarılması və Çeçen Respublikasının ərazisində demokratik seçkilərin keçirilməsi haqqında saziş imzalandı. Çeçenistanın statusunun həlli məsələsi beş il müddətinə təxirə salındı. 1997-ci ildə Çeçen Respublikasının Prezidenti seçilən A.A.Masxadov bu müqaviləyə, faktiki, Çeçenistanın müstəqilliyinin tanınması kimi baxırdı. 1997-ci ilin mayında Moskvada B.Yelt-sin və A.Masxadov R.F və Çeçen Respublikası İçkeriya arasında sülh və qarşılıqlı münasibət haqqında müqavilə imzaladılar. Faktiki olaraq, Çeçenistan müstəqil elan edildi və Rusiya onun dağıdılmış iqtisadiyyatının bərpasına kömək etməyə razılıq verdi.
•  1999- cu ilin payızında Çeçenistan ətrafında vəziyyət yenidən kəskinləşdi. İkinci Çeçen müharibəsi başladı. 1999-cu ilin sentyabrında Rusiyanın bir sıra şəhərlərində, o cümlədən Moskvada terror aktları törədildi. Rusiya hökumətinin cavab tədbirləri sərt oldu. İkinci Çeçen müharibəsində 150 min nəfər hərbçi, milis və daxili qoşun səfərbər edildi. Çeçen tərəfinin döyüşçüləri 20 min nəfərə çatırdı. Federal qoşunlar birinci Çeçen müharibəsindən nəticə çıxararaq, əsasən, artilleriya və hava hücumlarına üstünlük verirdi.
•  1999- cu ilin dekabrında HHQ və sərhədçilər Gürcüstan sərhədi yaxınlığındakı Arqun dərəsini tutaraq, çeçen döyüşçülərinə gələn köməyin qarşısını aldı.
•  2000- ci ilin yanvarında federal qoşunlar möhkəm qalaya çevrilən Qroznını aldı. Döyüşlərin gedişində çeçen döyüşçülər 15 min, federal qüvvələr 2 min nəfər itirdi. 2000-ci ilin axırlarında federal qoşunlar Çeçen Respublikasının bütün yaşayış məntəqələrinə nəzarəti ələ keçirdi. Respublikada keçmiş müfti A.A.Kadırovun başçılığı ilə vətəndaş idarəçiliyi yaradıldı. 2003-cü ilin martında keçirilən referendumda Çeçen Respublikasının yeni Konstitusiyası qəbul edildi ki, burada da Çeçenistan Rusiya Federasiyasının ayrılmaz tərkib hissəsi elan olundu. 2003-cü il oktyabrın 5-də A.A.Kadırov Çeçen Respublikasının Prezidenti seçildi.
•  2000- 2004-cü illərdə cərəyan edən hadisələr göstərdi ki, Moskvanın yeni çeçen siyasətinin əvvəlki kimi barışmaz rəqibləri var. Ölkədə və Çeçenistanda müqavimətin yeni növü, terror aksiyaları artdı. Çeçen Respublikasının prezidenti A. Kadırov 2004-cü il mayın 9-da Qroznıdakı stadionda təntənəli parad zamanı öldürüldü. Rusiya xüsusi xidmət orqanlarının iştirakı ilə 2005-ci ildə İçkeriyanın sabiq prezidenti A.Masxadov, keçmiş vitse-prezident V.X.Arsanov öldürüldülər. 2006-cı ilin iyulunda Rusiya təhlükəsizlik qüvvələri Ş.Basayevi məhv etdi. Çeçenistan Respublikasında vəziyyətin normallaşdırılmasında 30 minə yaxın çeçen təhlükəsizlik qüvvələri də yaxından iştirak edirdi.